Пятница, 29.03.2024, 03:44
Вітаю Вас Гость | Реєстрація | Вхід

і

Архив статей

Головна » Файли » 2012 » 2 (110)

Козерецька І.А. TPE повтори hobo елемента в геномах представників природних популяцій Drosophila melanogaster України.
13.06.2014, 14:42

Резюме
Козерецька І.А. TPE повтори hobo елемента в геномах представників природних популяцій Drosophila melanogaster України.
Дослідження динаміки мобільного генетичного елементу hobo в природних популяціях свідчить про історичні закономірності, які дозволяють передбачити нещодавність інвазії цим елементом, яка відбулася у всьому світі в геномах D. melanogaster, можливо, за рахунок горизонтального переносу. У якості молекулярного маркеру використовують ТРЕ тандемні повтори нуклеотидної послідовності цього елементу. Вивчення ТРЕ повторів у 8-ми природних популяціях дрозофіли з різних локалітетів, які розташовані на території України, формуючи широтний зріз, показало, що крім відомих три-ТРЕ повторів зустрічаються також 6- та 7-ТРЕ мотиви. Ми гіпотезуємо, що відсутність поліморфізму досліджуваної ділянки hobo елементу може пояснюватися радіоактивним забрудненням у місцях існування відповідних популяцій плодових мух.
Ключові слова: drosophila; hobo; природні популяції; радіоактивне забруднення; TPE тандемні повтори; транспозон.
Резюме
Козерецкая И.А. TPE повторы hobo элемента в геномах представителей природных популяций Drosophila melanogaster Украины.
Исследование динамики мобильного генетического элемента hobo в природных популяциях свидетельствует о исторических закономерностях, которые позволяют предположить инвазию эти элементов в недавнім временикоторая имела место во всем мире в геномах D. melanogaster, возможно, путем горизонтального переноса. В таких исследованиях в качестве молекулярного маркера используют ТРЕ тандемные повторы нуклеотидной последовательности этого элемента. Изучение ТРЕ повторов в 8-ми природных популяциях дрозофилы з разных локалитетов, которые располагаются на територии Украины, формируя широтный срез, показало, что кроме известных три-ТРЕ повторов встречаются также 6- и 7-ТРЕ мотивы. Выдвинуто предположение, что отсутствие полиморфизма исследованного участка hobo элемента может объясняться радіоактивным загрязнением в містах существования соответствующих популяций плодовых мух.
Ключевые слова: drosophila; hobo; природные популяции; радиоактивное загрязнение; TPE тандемные повторы; транспозон.
Summary
Kozeretska I.A. Tandem TPE repeats of hobo elements in natural populations of Drosophila melanogaster in Ukraine.
Temporal surveys of hobo transposable elements in natural populations reveal a historical pattern suggesting a recent world-wide invasion of D. melanogaster genome by these transposons, perhaps following a recent horizontal transfer. To clarify the dynamics of hobo elements in natural populations we used TPE tandem repeats observed of the element as molecular markers. We studied the number of TPE repeats in 8 wild populations collected in various places from the north to the south of Ukraine. Beside the three-TPE elements, five populations demonstrated the presence of hobo with seven-TPE tandem repeats. One population was found to have six-TPE repeats. We suggest that the absence of polymorphism in the tandem repeats of the TPE region of hobo element may be linked to radioactive contamination of the areas inhabited by respective populations.
Key words: drosophila; hobo; natural population; radioactive contamination; TPE tandem repeats; transposon.
Рецензент: к.б.н., м.н.с. О.В. Линчак 

УДК 575.224.055.4.812

Київський національний університет ім. Тараса Шевченка 01601, м. Киев, вул. Володимирська, 64/13, Киевский национальный университет имени Тараса Шевченко Украина,01601, г. Киев, ул. Владимирская, 64/13 Taras Shevchenko National University of Kyiv 64/13, Volodymyrska Street, City of Kyiv, Ukraine, 01601 

Література
1.     Basic local alignment search tool / S.F. Altschul, W. Gish, W. Miller [et al.] // J. Mol. Biol. -1990.-Vol. 215. -P 403-410.
2.    Atlas Ukraine Radioactive contamination Ministry of Ukraine of Emergency and affairs of population protection from the consequences of Chernobyl catastrophe // Intelligence Systems GEO Kyiv, 2008.- 46 p.
3.    Benton M.J. The Red Queen and the Court Jester: Species Diversity and the Role of Biotic and Abiotic factors / M.J. Benton // Science. -2009. - Vol. 323. -P. 728-732.
4.    Berg R.L. A genetical analysis of wild populations of Drosophila melanogaster / R.L. Berg // D I S . -1941. - Vol.15. 
5.    A scenario for the hobo transposable elements invasion, deduced from the structure of natural population of Drosophila melanogaster using tandem TPE repeats / E. Bonnivard, C. Bazin, B. Denis [et al.] // Genet. Res. Camb. - 2000. - Vol. 75. - P. 13-23.
6.     Bonnivard E. High polymorphism of TPE repeats within natural populations of Drosophila melanogaster: a gradient of the 5TPE hobo element in Western Europe / E. Bonnivard, C. Bazin, D. Higuet // Mol. Biol. Evol. - 2002. - Vol.19. -P. 2277-2284.
7.    Evidence for a common evolutionary origin of inverted repeat transposons in Drosophila and plants: hobo, Activator, and Tam3 / B.R. Calvi, T.J. Hong, S.D. Findley [et al.] // Cell. - 1991. - Vol. 66. - P. 465-471.
8.    The hobo transposon and hobo-related elements are expressed as developmental genes in Drosophila / M. Depra, V.L. da Silva Valente, R. Margis [et al.] // Gene. - 2009. - Vol. 448. - P. 57-63.
9.    Gonzalez J. A recent adaptive transposable element insertion near highly conserved developmental loci in Drosophila melanogaster / J. Gonzalez, J.M. Macpherson D.A. Petrov // Mol. Biol. Evol. - 2009. - doi:10.1093/molbev/msp107
10.    Prevalence of full-size P and KP elements in North American populations of Drosophila melanogaster / M. Itoh, N. Takeuchi, M. Yamaguchi [et al.] // Genetica. - 2007. - Vol. 131. -P. 21-28.
11.    Kazazian H.H.Jr. Mobile elements: drivers of genome evolution / H.H.Jr.Kazazian// Science. -2004. - Vol. 303. - P. 1626-1632.
12.    Patterns of hobo elements and their effects in natural population of Drosophila melanohaster in Japan / K. Kikuno, K. Tanaka, M. Itoh [et al.]// Heredity . -2006. -Vol. 96. -P. 426-433.
13.     Mutation processes in natural populations of Drosophila melanogaster and Hirundo rustica from radiation-contaminated regions of Ukraine / I.A. Kozeretska, A.V. Protsenko, ES Afanas'eva [et al.]// Cytology and Genetics. - 2008. - Vol. 42. - P. 267-271.
14.    Reduction in mutation frequency by very low-dose gamma irradiation of Drosophila melanogaster germ cells / K.Ogura, J. Magae, Y. Kawakami [et al.]// Radiat. Res. -2009. - Vol. 171. - P. 1-8.
15.    Schluter D. Evidence for ecological speciation and its alternative /D.Schluter// Science. - 2009. - Vol. 323. - P. 737-741.
16.    High mutation rate of TPE repeats: a microsatellite in the putative transposase of the hobo element in Drosophila melanogaster / S. Souames, E. Bonnivard, C. Bazin [et al.]// Mol. Biol. Evol. - 2003. - Vol. 20. - P. 1826-1832.
17.    Vieira С. Transposable element dynamics in two sibling species: Drosophila melanogaster and Drosophila simulans / С. Vieira, С. Bi'emont// Genetica. - 2004. - Vol. 120. - P. 115-123.

 

Категорія: 2 (110) | Додав: Roman
Переглядів: 729 | Завантажень: 0 | Рейтинг: 0.0/0
Всього коментарів: 0
Додавати коментарі можуть лише зареєстровані користувачі.
[ Реєстрація | Вхід ]
RSS

Форма входу

Категорії розділу

1 (109) [43] 2 (110) [55]
3 (111) [45] 4 (112) [52]
5 (113) [76] 6 (114) [83]

ПОИСК

НАШ ОПРОС

Оцените наш сайт
Всего ответов: 55

ДРУЗЬЯ САЙТА

Статистика


Онлайн всего: 1
Гостей: 1
Пользователей: 0